의학교육 및 학술단체들은 "최근 교육인적자원부가 의학전문대학원 및 약대학제 연장 등 보건의학교육과 보건의료제도의 근간에 영향을 줄 수 있는 중요한 정책을 추진함에 있어 스스로 교육적인 측면 보다는 정치적 혹은 정략적 목적에 의해 왜곡되고 있는 현실에 우려와 개탄을 금치 못한다"며 정부를 비난했다.

대한의학회, 한국의과대학장협의회, 전국의대교수협의회 등 3개 단체는 8일 발표한 성명서를 통해 "당초 의학교육의 수월성과 다양성을 위해 도입된 의학전문대학원에 대해 교육인적자원부가 이제 와서 교육목적인 아닌 교육외적인 조건을 내세우며 각 대학에 도입을 강권,의대의 자율성 훼손은 물론 이공계 교육마저 황폐화가 우려되고 있다"고 지적했다.

또 약대학제 연장 문제는 그 이면에 직능간의 영역문제가 숨어있으므로 제직능간 영역의 명확화가 우선되어야 하며, 객관적이고 공정한 정책추진과 절차적 합리성이 보장되어야 한다고 주장했다.

이들 단체는 의학전문대학원과 약대학제 연장 등의 문제가 국민적 합의절차가 생략된 채 교육인적자원부에 의해 독단적으로 진행되고 있는 근본원인은 학제에 관한 사항이 대통령령으로 위임된 고등교육법의 구조적 문제에 의한 것이므로 차제에 동 사안을 모법에 규정하여 국회차원에서 논의되어야 한다고 강조했다.

특히 의학전문대학원과 약대학제 연장 문제는 의사, 약사 직능의 양성기간의 연장과 인력수급 문제와 직결되므로 보건의료정책의 하위개념에서 수립결정되어야 하며, 또한 이들 직능의 교육기간 연장이 간호사, 의료기사, 한약사 등 여타 직군의 학제 인플레로 연결될 수 있음을 직시하고, 충분한 연구와 관련직종간의 합의가 반드시 전제되어야 한다고 밝혔다.

따라서 최근 국회에서 발의된 고등교육법개정안을 적극 지지하며, 교육부는 부당한 의학전문대학원 및 약대학제 연장을 전면 중단하고, 국회차원에서 성실한 논의에 임할 것을 촉구한다고 강조했다.
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