의협은 현행 법안에서 의원, 치과의원 및 한의원을 제외하는 조항을 삭제하고 조세특례제한법의 특별세액감면 대상에 모든 의료기관을 포함하도록 요구했다.
또한 의료기관 신용카드결제 진료비와 관련해 의료기관도 똑같이 세액공제(2%)의 혜택을 받는 일반 사업자와 같이 지원을 받도록 해야 한다고 주장했다.
의협은 열린세정추진위원회 등과의 실무 접촉을 통해 의료기관에 대한 세제지원방안을 마련해 줄 것을 요구했고, 이에 국세청은 의원급 의료기관을 중소기업특별세액감면대상에 포함하도록 재경부 세제실에 개정을 건의하겠다고 밝혔다.
2004년 개정된 조세특례제한법으로 고용창출형 창업기업 세액감면제도가 도입되었으나 의료기관은 포함되지 않았다. 이에 의협은 연간 3,000여 개소가 창업하여, 최소 연 10,000명 이상의 고용창출 효과를 근거로 세액감면대상에 의료기관을 포함시켜야 한다고 주장했다.
이와 함께 의료행위 도중 발생할 수 있는 의료사고를 보완, 지원해 줄 제도적 장치로 매년 소득의 일정 비율을 손해배상금의 충당금으로 적립하고 이를 비용으로 인정할 것도 요구했다.
또 의료시장개방 압력에 대비하여 신의료기술을 통해 국민에게 양질의 서비스를 제공할 수 있도록 연구에 따른 비용을 확대 인정하여 세제혜택이 뒷받침돼야 한다고 지적했다.
이밖에도 신용카드 가맹점수수료에 대한 세금감면 자영업자의 신용카드 사용에 대한 세액공제 내과·소아과·가정의학과 등 보험진료가 높은 병과의 기준경비율 상향조정 진료비 지급통보서와 국세청 통보 과세 자료의 개선 등의 기타 방안의 추진도 함께 요청했다.
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